耐药性区分主要依据微生物对药物的敏感性降低程度、耐药机制及临床治疗效果，可分为天然耐药和获得性耐药两类。
天然耐药指微生物天生对某些药物不敏感，与遗传特性相关。如革兰阴性菌对万古霉素天然耐药，因其细胞膜结构阻碍药物进入。这类耐药无须通过基因突变获得，临床用药前可通过药敏试验预判。治疗需避开天然耐药药物，选择敏感抗生素如头孢曲松钠注射剂、左氧氟沙星片等。
获得性耐药是微生物接触药物后通过基因突变或水平基因转移产生的适应性改变。典型表现为原本敏感的药物疗效下降，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌对β-内酰胺类抗生素耐药。临床需通过药敏试验确认，治疗可选用利奈唑胺片、替加环素注射剂等替代药物。
交叉耐药指微生物对结构或作用机制相似的多种药物同时耐药。如对红霉素耐药的肺炎链球菌可能对克拉霉素等大环内酯类药物均无效。需通过体外联合药敏试验鉴别，治疗可换用作用机制不同的莫西沙星片、多西环素胶囊等。
多重耐药指微生物对三类及以上抗菌药物同时耐药，如耐多药结核分枝杆菌。临床需通过表型检测和基因测序确定耐药谱，治疗需联合使用贝达喹啉片、利奈唑胺片等二线药物，疗程可能延长至数月。
泛耐药指微生物对几乎所有常用抗菌药物耐药，如泛耐药鲍曼不动杆菌。需通过全基因组测序分析耐药基因，治疗可能仅对多黏菌素E注射剂、替加环素注射剂等极少数药物敏感，严重时需采用噬菌体疗法等实验性手段。
预防耐药性需严格遵循抗菌药物使用原则，避免无指征用药或疗程不足。定期开展微生物耐药监测，根据药敏结果精准选药。对于慢性感染患者，建议完成全程治疗并复查病原学。日常注意手卫生和环境卫生，减少耐药菌传播风险。出现治疗无效情况时，应及时进行耐药基因检测调整方案。
