功能性消化不良可能由胃肠动力异常、内脏高敏感性、精神心理因素、幽门螺杆菌感染等原因引起，可通过调整饮食、药物治疗、心理干预、根除幽门螺杆菌等方式缓解。
胃肠蠕动减慢或节律紊乱导致食物滞留，表现为餐后饱胀、早饱。建议少食多餐，避免高脂饮食，可遵医嘱使用多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片、盐酸伊托必利片等促胃肠动力药。
胃肠神经对正常刺激过度敏感，引发上腹隐痛或灼烧感。需避免辛辣刺激食物，可选用铝碳酸镁咀嚼片、复方氢氧化铝片、雷尼替丁胶囊等黏膜保护剂或抑酸剂。
焦虑抑郁状态通过脑肠轴影响消化功能，常伴失眠、烦躁。需保持规律作息，必要时进行认知行为治疗，可配合氟哌噻吨美利曲辛片、草酸艾司西酞普兰片等抗焦虑药物。
幽门螺杆菌产生的毒素损伤胃黏膜，可能诱发持续性消化不良。需通过碳13呼气试验确诊，采用阿莫西林胶囊、克拉霉素片、奥美拉唑肠溶胶囊、胶体果胶铋胶囊四联疗法根除。
日常注意保持饮食清淡，规律进食，避免烟酒及过度劳累，症状持续加重时应及时进行胃镜等检查排除器质性疾病。
