肺部真菌感染通常需要治疗2-6个月，实际疗程受到感染类型、免疫状态、用药方案、并发症等因素的影响。
念珠菌感染约需2-4周，曲霉菌感染需3-6个月，隐球菌感染可能持续6-12个月，不同真菌对药物敏感性差异显著。
糖尿病患者需延长1-2个月疗程，HIV感染者可能需终身维持治疗，器官移植患者需配合免疫抑制剂调整用药周期。
氟康唑治疗需连续4-8周，伏立康唑疗程通常12周以上，两性霉素B静脉用药后需口服巩固治疗至少1个月。
合并肺空洞时疗程延长50％，出现中枢神经系统播散需治疗1年以上，继发细菌感染会延迟真菌清除时间。
治疗期间应定期复查胸部CT和真菌培养，避免高糖饮食，保持居所通风干燥，免疫功能低下者需持续预防性用药。
