多数男性HPV感染可自愈，免疫功能正常者通常6-24个月内病毒自然清除。自愈概率与病毒亚型、免疫状态、是否合并尖锐湿疣等因素相关。
HPV6/11等低危型引起的生殖器疣可能自愈，但易复发。局部表现疣体时可使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊或进行冷冻治疗，同时需增强免疫力。
HPV16/18等高危型虽可能自行消退，但持续感染可能诱发癌变。需定期进行醋酸白试验或HPV-DNA检测，必要时行激光或光动力治疗。
CD4+T细胞计数降低者自愈率显著下降。合并艾滋病、糖尿病等基础疾病患者建议联合胸腺肽、干扰素等免疫调节剂治疗。
伴有尿道灼痛、异常分泌物时可能合并其他性传播疾病，需同步检测淋球菌、衣原体等病原体，不可单纯等待自愈。
建议感染期间避免性接触，保持会阴清洁干燥，适量补充维生素A/C/E及锌元素帮助病毒清除，定期皮肤性病科随访。
