跖疣通过药物治疗、物理治疗、免疫疗法或手术治疗等方法可以有效改善，多数患者预后良好。
水杨酸制剂可促进角质剥脱，氟尿嘧啶软膏能抑制病毒增殖，咪喹莫特乳膏通过激活局部免疫反应清除疣体。需持续用药数周至数月。
液氮冷冻治疗通过低温使疣体坏死脱落，电灼术利用高温破坏疣体组织，二者均可快速消除病灶但可能需重复进行。
局部注射干扰素或应用免疫调节剂，适合多发或复发性跖疣。通过增强机体对病毒的免疫应答达到治疗目的。
顽固性疣体可行刮除术或激光切除，创面较大需配合伤口护理。术后注意预防感染避免瘢痕形成。
治疗期间应保持足部干燥清洁，避免抓挠导致病毒扩散，选择透气鞋袜并定期消毒，合并糖尿病等基础疾病需积极控制原发病。
