榴莲适合在室温下放置1-2天自然成熟后食用，或冷藏保存2-3天以延缓过熟。未开口的榴莲可常温通风存放，已开口的果肉需密封冷藏。
榴莲成熟过程中会释放乙烯气体加速软化，室温20-25℃时放置于纸箱或阴凉处可促进均匀成熟。成熟度可通过果柄弹性、外壳裂缝和香气浓度判断，轻摇有果肉晃动声表明已可食用。冷藏保存时需用保鲜膜包裹果肉或整果，避免与其他食物串味，冷冻可延长保存期至1个月但口感会变绵软。食用前冷藏2小时可降低浓烈气味，搭配山竹、椰子水等凉性食物能中和燥热感。榴莲果核经煮沸后可食用，富含淀粉和膳食纤维。
榴莲含糖量超过15％，糖尿病患者应控制单次摄入量在100克以内。高血压患者需注意其高钾特性，避免与降压药同服。开壳后的果肉接触空气易滋生细菌，建议6小时内食用完毕。若出现果肉发酸、流水等变质迹象须丢弃。孕妇每日食用不超过2瓣，避免与酒精、牛奶同食引发胃肠不适。对榴莲过敏者可能出现皮肤瘙痒或喉头水肿，初次尝试者可小剂量测试。
