莲子可用于辅助治疗心悸失眠、脾虚泄泻、遗精带下等疾病。莲子具有补脾止泻、益肾固精、养心安神的功效，主要适用于脾肾亏虚及心神不宁相关病症。
莲子对心肾不交型失眠有辅助改善作用。其含有的生物碱和苷类成分能调节中枢神经系统，缓解因焦虑、更年期或慢性病导致的心悸、多梦症状。临床常与酸枣仁、茯苓配伍使用，如归脾丸、天王补心丹等中成药均含莲子成分。使用时需注意实热证患者不宜单独大量服用。
莲子对脾胃虚弱引起的慢性腹泻有收敛止泻效果。其富含淀粉酶抑制物和鞣质，能减少肠液分泌，改善消化吸收功能。常与白术、山药配伍用于治疗功能性腹泻或肠易激综合征，如参苓白术散。急性感染性腹泻需配合抗菌药物治疗。
莲子通过补肾固涩作用改善肾虚型遗精、白带过多。其锌元素和植物固醇可调节性激素水平，常与芡实、金樱子组成水陆二仙丹等方剂。对前列腺炎或阴道炎引发的病理性分泌物需配合抗生素如左氧氟沙星片、甲硝唑栓等治疗。
莲子对脑力劳动者或更年期人群的神经衰弱症状有调理作用。所含的谷氨酸和微量元素能营养神经细胞，改善健忘、注意力不集中等症状。多与核桃仁、柏子仁同用，如柏子养心丸。严重焦虑抑郁需联合帕罗西汀片等抗抑郁药。
莲子适合肿瘤放化疗或手术后体质恢复。其蛋白质和多糖成分可增强免疫力，改善贫血乏力，常配伍黄芪、当归制成食疗方。恶性肿瘤患者需配合复方斑蝥胶囊等抗肿瘤药物规范治疗。
莲子作为药食同源之品，建议每日食用量不超过30克，可煮粥或炖汤。实热便秘者慎用，糖尿病患需控制摄入量。治疗疾病时应辨证配伍使用，急重症须配合现代医学手段。储存时需防潮防蛀，发霉变质莲子禁止食用。
