左炔诺孕酮肠溶片的副作用通常较轻微，常见不良反应包括恶心呕吐、不规则阴道出血、乳房胀痛、头晕乏力等，多数可自行缓解，严重副作用概率较低。
约10％-20％使用者可能出现胃肠道反应，与药物刺激胃黏膜有关，通常24小时内缓解，可少量进食后服药减轻症状。
部分女性服药后会出现突破性出血或月经周期改变，与孕激素干扰子宫内膜相关，一般1-2个月经周期后可恢复正常。
药物中孕激素可能引起乳腺组织暂时性充血，表现为胀痛或触痛，通常3-5天自行消退，建议穿戴宽松内衣。
少数人可能出现头痛、眩晕或疲劳感，与激素水平波动有关，注意服药后避免驾驶或高空作业等需集中注意力的活动。
若出现严重腹痛、视力障碍或过敏反应需立即就医，该药每年使用不宜超过3次，长期反复使用可能影响卵巢功能。
