脑干梗塞的预后与梗塞范围、治疗时机及基础疾病控制有关，部分患者可通过溶栓治疗、抗血小板聚集、康复训练等方式改善功能，但严重梗塞可能导致不可逆损伤。
发病4.5小时内静脉溶栓是核心手段，常用阿替普酶、尿激酶等药物溶解血栓，需配合头颅CT排除出血风险，溶栓后可能出现牙龈出血等不良反应。
对心房颤动导致的栓塞需长期抗凝，利伐沙班、达比加群酯等新型口服抗凝药可降低再梗概率，用药期间需监测凝血功能，警惕消化道出血风险。
病情稳定后需早期进行吞咽功能训练、肢体运动康复，针对构音障碍采用舌肌电刺激，平衡障碍者进行前庭康复，康复周期通常超过3个月。
高血压患者需将血压控制在140/90mmHg以下，糖尿病患者糖化血红蛋白维持在7％以下，同时纠正血脂异常，戒烟限酒可降低二次卒中风险。
发病后1年内是功能恢复黄金期，建议定期复查颈部血管超声，坚持低盐低脂饮食，吞咽困难者需调整食物质地，避免呛咳引发肺炎。
