肛瘘病情加重可能导致局部感染扩散、肛门功能受损、全身感染甚至癌变，常见进展表现为肛周脓肿反复发作、排便失禁、败血症等。
肛瘘瘘管持续化脓可能引发肛周蜂窝织炎或盆腔感染，表现为红肿热痛加剧伴发热，需手术切开引流联合头孢克肟、甲硝唑等抗生素治疗。
长期炎症侵蚀可能破坏肛门括约肌，导致气体或稀便控制障碍，可通过生物反馈训练改善，重度需括约肌修补术。
细菌经瘘管入血可能诱发败血症，出现寒战高热等全身症状，需静脉注射哌拉西林他唑巴坦等广谱抗生素并监测生命体征。
十年以上慢性肛瘘有鳞癌变可能，表现为瘘管分泌物带血、质地变硬，确诊需病理活检，治疗采用根治性切除术。
日常应保持肛周清洁干燥，避免久坐压迫，出现肛周肿痛渗液等症状应及时至肛肠外科就诊。
