多数肛瘘需要手术治疗。肛瘘的处理方式主要有药物保守治疗、挂线疗法、瘘管切开术、瘘管切除术。
适用于单纯性低位肛瘘，可采用抗生素控制感染，常用药物包括甲硝唑、左氧氟沙星、头孢克肟。
通过弹性胶线缓慢切割瘘管，适用于高位复杂性肛瘘，可能与肛腺感染有关，常伴肛门肿痛、渗液等症状。
直接切开瘘管引流，适用于低位单纯性肛瘘，可能与克罗恩病有关，表现为反复流脓、肛门潮湿。
完整切除瘘管组织，适用于复杂性或复发性肛瘘，需配合术后创面护理防止感染。
术后需保持肛门清洁，避免久坐久站，饮食宜清淡富含膳食纤维，定期复查评估愈合情况。
