婴儿服用益生菌可能出现肠胀气、排便异常、过敏反应、继发感染等副作用，通常与菌株选择不当或个体差异有关。
部分益生菌可能加剧肠道产气，表现为哭闹不安、腹部膨隆。建议家长选择双歧杆菌等低产气菌株，出现症状时可暂停服用并热敷腹部。
可能出现腹泻或便秘等肠道适应反应，与菌群调整过程有关。家长需观察大便性状变化，必要时改用嗜酸乳杆菌等温和菌种。
对益生菌辅料过敏可引发皮疹、面部肿胀。应立即停用并就医，临床常用氯雷他定糖浆等抗组胺药物处理过敏症状。
免疫功能低下婴儿可能发生菌血症等严重并发症。早产儿或慢性病患儿使用前需医生评估，必要时配合头孢克肟颗粒等预防性抗感染治疗。
母乳喂养期间母亲可通过摄入酸奶等食物间接补充益生菌，婴幼儿使用益生菌制剂应严格遵医嘱并监测排便及过敏情况。
