肛门疣可能引起肛门瘙痒、异物感、出血、分泌物增多等症状，严重时可导致排便困难或疼痛。
肛门疣初期常表现为局部轻微瘙痒，可能因疣体刺激皮肤或合并真菌感染引起。可遵医嘱使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊或干扰素凝胶治疗。
疣体增大后可能在排便时产生明显异物感，尤其多发疣体或菜花状增生时更为明显。需通过冷冻、激光等物理治疗去除疣体。
疣体表面破损或摩擦可能导致便后纸巾带血，出血量一般较少。反复出血需警惕HPV感染导致的黏膜病变，可配合使用重组人干扰素α2b栓。
疣体继发感染时可出现脓性分泌物伴异味，可能合并细菌性皮炎。需加强局部清洁并外用莫匹罗星软膏控制感染。
保持肛周干燥清洁，避免搔抓疣体，治疗期间建议穿宽松棉质内衣，性伴侣需同步检查防止交叉感染。
