预防小儿原发性纤毛运动障碍需从遗传咨询、孕期防护、新生儿筛查及感染管理四方面入手。该病属于先天性纤毛结构异常疾病，目前尚无根治方法，但可通过早期干预减少并发症。
有家族史者建议孕前进行基因检测，明确携带者状态。若父母均为携带者，可通过辅助生殖技术筛选健康胚胎，降低后代患病概率。
妊娠期避免接触烟草烟雾、电离辐射等致畸因素，按时补充叶酸。定期产检监测胎儿发育，超声检查可发现部分内脏反位等结构异常。
对疑似患儿早期进行鼻呼出气一氧化氮检测、纤毛电镜检查等。确诊后需定期评估肺功能，及时干预慢性鼻窦炎、中耳炎等常见并发症。
接种肺炎球菌疫苗、流感疫苗等预防呼吸道感染。日常保持环境清洁，避免吸入二手烟、粉尘等刺激物，采用体位引流帮助气道分泌物排出。
患儿需长期随访呼吸、听力及生长发育情况，出现持续咳嗽、喘息等症状时及时就医，必要时使用黏液溶解剂或抗生素控制感染。
