大肠水疗可能引发肠道菌群失衡、肠穿孔、电解质紊乱、感染等危害。该操作属于侵入性医疗行为，需严格评估适应症并由专业人员操作。
过度冲洗可能破坏肠道益生菌环境，导致腹泻或便秘。可通过补充双歧杆菌制剂调节微生态平衡。
操作不当可能损伤肠壁，严重时需紧急手术修补。可能与肠道憩室、炎症性肠病等基础病变有关，表现为剧烈腹痛和腹膜刺激征。
大量液体灌注可能稀释体内钠钾离子，引发心律失常。心肾功能不全者风险更高，需监测血生化指标。
器械消毒不彻底可能导致交叉感染，出现发热或脓血便。免疫功能低下者应避免该操作。
健康人群无须常规进行肠道清洁，保持膳食纤维摄入和规律排便即可维护肠道功能。出现持续腹痛或排便异常应及时就医。
