肛周囊肿存在复发概率，复发风险与术后护理、感染控制、基础疾病管理等因素相关。
伤口清洁不彻底或过早沾水可能导致细菌定植，建议每日用生理盐水冲洗并保持干燥，复发后需重新清创引流。
首次治疗时抗生素疗程不足可能残留病原体，表现为红肿热痛再发，需进行脓液培养并针对性使用头孢克肟等药物。
糖尿病患者因血糖过高易继发感染，需将糖化血红蛋白控制在7％以下，同时配合莫匹罗星软膏局部抗感染。
先天性肛窦较深者更易藏匿分泌物，反复发作需考虑肛窦切开术，术后使用复方角菜酸酯栓促进创面愈合。
日常避免久坐及辛辣饮食，出现肛门坠胀感及时复查肛肠科，复发后可通过超声引导下穿刺引流降低损伤。
