甲状腺功能亢进症常见并发症主要有心血管系统损害、骨质疏松、甲状腺危象、眼病等，严重程度从可逆性损伤到危及生命不等。
长期甲状腺激素过高会导致心律失常、心脏扩大甚至心力衰竭，可能与心肌细胞代谢亢进及β肾上腺素受体敏感性增加有关，需通过β受体阻滞剂、抗心律失常药控制，可使用普萘洛尔、美托洛尔、胺碘酮等。
甲状腺激素加速骨吸收，易引发骨量减少及病理性骨折，女性绝经后风险更高。治疗需补充钙剂、维生素D及双膦酸盐类药物，如阿仑膦酸钠、唑来膦酸、利塞膦酸钠。
感染或应激等因素诱发的高代谢危重症，表现为高热、心动过速、意识障碍，需紧急使用丙硫氧嘧啶、碘剂、糖皮质激素如氢化可的松进行抢救。
与自身免疫反应相关，出现眼球突出、复视甚至视神经压迫，轻度使用人工泪液保护角膜，中重度需注射糖皮质激素或进行眼眶减压手术。
甲亢患者应定期监测骨密度、心电图等指标，避免高碘饮食，保证足量蛋白质和钙摄入以降低并发症风险。
