结肠灌肠可以用于治疗部分疾病，主要有便秘辅助治疗、肠道检查前准备、药物治疗的辅助手段、中毒急救等情况。
对于顽固性便秘，灌肠可直接软化直肠末端粪便，常用灌肠液包括甘油灌肠剂、磷酸钠盐灌肠液、生理盐水等。
结肠镜检查前需彻底清洁肠道，通常使用聚乙二醇电解质散进行大容量灌肠，配合饮食控制确保检查准确性。
部分肠道疾病如溃疡性结肠炎，可通过灌肠方式给予美沙拉嗪栓剂、氢化可的松灌肠液等药物进行局部治疗。
部分经肠道吸收的毒物中毒时，可采用活性炭混悬液灌肠减少毒物吸收。
灌肠治疗应在医生指导下进行，频繁灌肠可能破坏肠道菌群平衡，日常建议通过增加膳食纤维摄入、规律运动等方式维护肠道健康。
