阿莫西林的副作用主要包括胃肠不适、过敏反应、肝功能异常及菌群失调，禁忌人群为青霉素过敏者、传染性单核细胞增多症患者、严重肾功能不全者及有过敏史者。
常见恶心、腹泻等症状，可能与药物刺激胃肠黏膜有关。轻症可饭后服药缓解，症状持续需就医。相关药物包括铝碳酸镁、蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌。
表现为皮疹、荨麻疹等，严重者可出现过敏性休克。用药前须询问青霉素过敏史。治疗药物含氯雷他定、地塞米松、肾上腺素注射液。
少数患者出现转氨酶升高，与药物代谢负担有关。长期用药需监测肝功能。保肝药物可选谷胱甘肽、复方甘草酸苷、水飞蓟宾。
可能导致口腔念珠菌感染或抗生素相关性腹泻。预防需避免长期滥用。调节菌群可用布拉氏酵母菌、酪酸梭菌活菌散、枯草杆菌二联活菌。
服药期间出现严重皮疹或呼吸困难应立即停药就医，避免与别嘌呤醇联用增加皮疹风险，用药后注意补充水分及维生素B族。
