新生儿细菌性脑膜炎通过及时规范治疗多数可以治愈，预后效果与感染病原体种类、治疗时机、并发症严重程度等因素有关。
早期发现并及时使用敏感抗生素治疗的新生儿细菌性脑膜炎，治愈率相对较高，通常不会遗留神经系统后遗症。
合并脑积水、硬膜下积液等并发症时可能延长疗程，需联合外科干预，但多数患儿经综合治疗后仍可获得较好康复。
革兰阴性杆菌感染预后相对较差，可能与细菌毒素导致的脑损伤相关；B族链球菌感染早期干预则预后较佳。
脑炎严重者可能遗留癫痫、智力障碍等后遗症，需长期随访并进行康复训练，部分功能缺损可随生长发育改善。
建议住院期间严格监测生命体征，出院后定期进行脑电图、听力筛查等随访评估，母乳喂养有助于提升患儿免疫力。
