藿香正气丸的副作用主要有恶心呕吐、皮疹瘙痒、头晕嗜睡、肝功能异常等。该药物需严格遵医嘱使用，避免长期或过量服用。
药物成分可能刺激胃肠黏膜，常见于空腹服药时。建议改为餐后服用，必要时可联用奥美拉唑、铝碳酸镁、多潘立酮等胃肠保护药物。
部分人群对苍术、厚朴等中药成分过敏，可能出现皮肤红斑或荨麻疹。需立即停药并服用氯雷他定、西替利嗪、地塞米松等抗过敏药物。
方中半夏、陈皮等成分具有中枢抑制作用，服药期间应避免驾驶或高空作业。症状明显者可改用不含镇静成分的保济丸替代。
长期大剂量服用可能引起转氨酶升高，尤其酒精过敏者风险更大。用药期间建议定期监测肝功能，必要时联用护肝片、复方甘草酸苷、双环醇等保肝药物。
服药期间忌食生冷油腻食物，出现严重不良反应应立即停药就医，儿童及孕妇需在医生指导下调整剂量。
