口腔黏膜疾病的治疗包括一般治疗、药物治疗和其他治疗。
1、一般治疗：
局部治疗的原则是保持口腔清洁，防止继发感染，清除口腔内局部刺激物，对症治疗，减轻疼痛，并采取局部抗炎、镇痛和疾病愈合措施。当不良的假体刺激黏膜时，应进行修正以促进病变的愈合。绝大多数口腔黏膜疾病都是以身体功能障碍和身体虚弱为基础发生的，因此对每一位口腔黏膜疾病患者来说，支持治疗都是必要的。首先，应提供高营养食物和维生素药物。维生素有助于维持正常的代谢功能，提高身体的愈合能力。
2、药物治疗：
常用的消毒杀菌药物有0.1％依沙吖啶溶液、0.05％洗必泰溶液、1％-3％过氧化氢溶液、0.25％-0.5％氯霉素溶液、2％-4％碳酸氢钠溶液等。常用的止痛药有利多卡因、达克罗宁、丁卡因等。甲紫能防腐杀菌，有收敛作用，可以保护伤口，减轻疼痛，促进溃疡愈合。糖皮质激素具有良好的抗炎和抗过敏作用。一些由自身免疫功能亢进引起的自身免疫性疾病，如天疱疮、类天疱疮、慢性盘状红斑狼疮，需要使用免疫抑制剂治疗。一些复发性细菌和病毒感染的患者，尤其是口腔念珠菌病患者，通常免疫功能低下或缺乏。除体液免疫外，细胞免疫功能主要降低，因此需要免疫增强剂。
3、其他治疗：
紫外线局部照射具有抗炎、镇痛、杀菌作用。除光化性唇炎外，还可用于其他原因引起的口腔溃疡和糜烂。激光照射能消炎止痛，调节神经血管功能，促进口腔黏膜正常代谢。氦氖激光和二氧化碳激光对口腔黏膜溃疡、糜烂、慢性炎症等局部照射有效，氩离子激光可用于去除白斑病变。制冷剂二氧化碳或液氮用于产生低温，从而破坏病变组织并被切除。可以用于白斑和其他可疑的癌性病变。
