小儿脑炎的治疗难度与病情严重程度有关，多数早期发现的轻症脑炎容易治疗，少数重症或延误治疗的病例可能遗留后遗症。小儿脑炎通常由病毒感染、细菌感染、自身免疫反应等因素引起，需根据病因针对性治疗。
轻症小儿脑炎主要表现为发热、头痛、精神萎靡等症状，及时使用抗病毒药物如阿昔洛韦注射液、更昔洛韦胶囊，或抗生素如头孢曲松钠注射液、美罗培南注射液等，配合降颅压治疗（如甘露醇注射液），多数患儿可在2-3周内康复。早期发现时通过腰椎穿刺明确病原体类型，并给予营养支持与卧床休息，预后通常良好。
重症脑炎可能出现持续高热、抽搐、意识障碍甚至昏迷，需进入重症监护室进行呼吸支持、脱水降颅压等综合治疗。部分患儿可能遗留癫痫、智力障碍或运动功能障碍等后遗症，需长期康复训练。疱疹病毒性脑炎、结核性脑膜炎等特殊类型治疗周期较长，需联合多种药物控制。
小儿脑炎治疗期间家长需密切观察体温、精神状态变化，避免剧烈活动。恢复期应保证优质蛋白如鱼肉、鸡蛋的摄入，补充维生素B族营养神经。定期复查脑电图、头颅核磁共振评估恢复情况，遗留后遗症者需持续进行语言训练、物理治疗等康复干预。
