肛周脓肿手术后复发概率为5％-10％，复发风险与术后护理、感染控制、基础疾病等因素相关。
肛周脓肿术后复发多因创面处理不当或感染未彻底清除。术后1-3个月内需保持会阴清洁，每日用温水坐浴2-3次，排便后及时冲洗。未规范使用抗生素可能导致细菌残留，常见如大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌等病原体持续繁殖。合并糖尿病、克罗恩病等基础疾病患者，因组织修复能力下降，复发风险可提升至15％-20％。术中引流不充分或脓肿范围判断失误，可能遗留微小脓腔成为复发隐患。
极少数情况下，特殊解剖结构如高位肛瘘未完全处理，或免疫缺陷患者继发特殊病原体感染，可能造成反复发作。结核性肛周脓肿需配合抗结核治疗至少6个月，否则复发率可达30％。先天性肛腺异常分布者可能出现多灶性复发，需通过MRI明确病灶范围。
术后应避免久坐久站，减少肛门压力。饮食需保证优质蛋白摄入促进创面愈合，适量补充维生素C增强免疫力。出现局部红肿热痛或渗液增多时须及时复查，必要时行超声引导下穿刺引流。定期随访可早期发现复发征兆，通过肛瘘挂线术等二次干预可有效控制病情。
