新生儿脑炎能否治好需结合病情严重程度和治疗时机判断，多数早期规范治疗可有效控制症状甚至痊愈。
新生儿脑炎若由病毒感染引起且发现及时，通过抗病毒药物如阿昔洛韦注射液、更昔洛韦注射液等治疗，配合降低颅内压措施，多数患儿神经功能可逐步恢复。细菌性脑炎早期使用敏感抗生素如头孢曲松钠注射液、美罗培南注射液等，结合静脉免疫球蛋白支持治疗，也有较高治愈概率。部分轻症病例经及时干预后可能不留后遗症。
若患儿出现广泛脑实质损伤、多器官衰竭或治疗延误，可能遗留运动障碍、智力发育迟缓等后遗症。极少数重症病例因脑干功能衰竭或严重并发症可能导致死亡。早产儿、低出生体重儿或合并先天性免疫缺陷者预后相对较差，需更长期康复治疗。
家长发现新生儿出现发热、拒奶、嗜睡或抽搐等症状时须立即就医。治疗期间需严格遵医嘱用药，维持适宜环境温度，避免交叉感染。出院后应定期进行神经发育评估，必要时开展早期康复训练，部分患儿需补充维生素B6片、左卡尼汀口服溶液等营养神经药物辅助恢复。
