服用甲巯咪唑期间怀孕的孩子通常可以保留，但需立即就医调整用药方案。甲巯咪唑可能通过胎盘影响胎儿甲状腺功能，但风险与用药剂量、孕周及个体差异有关。
妊娠早期使用甲巯咪唑可能增加胎儿畸形风险，尤其是皮肤发育异常、后鼻孔闭锁等。此时医生会评估药物必要性，多数建议换用丙硫氧嘧啶，该药胎盘透过率较低。需通过超声检查密切监测胎儿发育情况，重点观察心脏结构及甲状腺形态。甲状腺功能亢进控制不佳同样会导致流产、早产等风险，因此不可擅自停药。
妊娠中晚期使用甲巯咪唑相对安全，但仍需严格控制剂量。该阶段胎儿甲状腺已具备摄碘功能，过量药物可能引发胎儿甲状腺肿或甲减。需联合产科与内分泌科进行母胎监护，每2-4周检测母体游离甲状腺素水平，维持其在正常高限为宜。发现胎儿异常时可考虑宫内治疗或提前分娩。
妊娠期使用抗甲状腺药物需全程医学监督。建议备孕阶段就与医生沟通用药方案，意外怀孕者应立即复查甲状腺功能。哺乳期如需继续用药，应选择丙硫氧嘧啶并监测婴儿甲状腺指标。日常需保证碘营养均衡，避免海带紫菜等富碘食物干扰药效，定期进行胎儿系统超声及甲状腺激素检测。
