酒精不能杀灭癌症病毒，但对流感病毒有一定灭活作用。75％浓度的医用酒精可破坏流感病毒包膜结构使其失活，而癌症病毒属于人体异常增殖细胞，酒精无法针对性杀灭。
流感病毒表面存在脂质包膜，75％医用酒精能溶解脂质层使病毒蛋白变性。实验显示该浓度酒精作用30秒可灭活90％以上流感病毒，适用于手部及物品表面消毒。但酒精渗透力有限，对已进入细胞的病毒无效，且无法杀灭无包膜的肠道病毒等。癌症病毒本质是宿主细胞基因突变产物，酒精虽能导致蛋白质凝固，但缺乏对癌细胞的特异性识别能力。高浓度酒精仅能杀死表层癌细胞，对深层肿瘤组织无效，还可能刺激正常细胞突变。临床常用癌症消毒剂为含氯制剂或过氧化物类，而非酒精。
使用酒精消毒需注意开窗通风远离火源，避免接触眼部和破损皮肤。流感流行期间可配合佩戴口罩、勤洗手等综合防护。癌症患者消毒应选择医院专用器械灭菌方案，接触化疗药物后需用肥皂水彻底清洁而非酒精擦拭。存放酒精需避光密封，防止挥发导致浓度下降影响效果。
