染色体正常的胎儿仍可能出现畸形，但概率较低。胎儿畸形可能由基因突变、环境因素、母体疾病或药物影响等非染色体因素引起。
染色体检查正常仅能排除由染色体数目或结构异常导致的畸形，约占胎儿畸形的20-30％。多数结构畸形与染色体无关，如神经管缺陷、先天性心脏病等。孕早期接触致畸物、母体糖尿病控制不佳、叶酸缺乏等因素均可干扰胎儿器官发育。超声检查对结构畸形的检出率随孕周增加而提高，建议规范完成产前超声筛查。
部分罕见单基因病或代谢性疾病可能不伴有染色体异常，但这类情况总体发生率不足5％。若家族有遗传病史或曾生育畸形儿，建议进行针对性基因检测。母体高龄、长期接触辐射或化学毒物可能增加基因突变风险，需加强孕期监测。
孕妇应定期进行产前检查，包括NT超声、大排畸超声及胎儿心脏超声等。避免接触酒精、烟草、电离辐射等致畸物，合理补充叶酸。发现胎儿异常时需由产前诊断中心综合评估，必要时进行羊水穿刺或全外显子测序等进一步检查。
