有痛肠镜检查过程中通常会有一定不适感，但多数人可以耐受。检查时肠镜通过肠道可能引发腹胀、牵拉痛等反应，疼痛程度因人而异，与肠道弯曲度、敏感度及操作手法有关。
多数受检者描述疼痛为轻度至中度，类似严重肠绞痛或腹胀感。肠道解剖结构正常、肌肉松弛良好的情况下，疼痛多集中在肠镜通过结肠肝曲、脾曲等生理弯曲处，持续时间较短。检查前服用解痉药物可减少肠道痉挛，配合医生要求的呼吸调整能缓解不适。部分医疗机构会提供镇静镇痛方案，进一步降低检查痛苦。
少数对疼痛敏感或存在肠粘连、肠道狭窄的患者可能出现剧烈疼痛。既往腹部手术史导致肠道位置异常者，肠镜通过时牵拉痛可能加重。炎症性肠病急性期、肠梗阻等病变状态下，检查疼痛风险显著增加。这类情况建议提前告知医生评估，必要时改为无痛肠镜。
检查后1-2天可能出现轻微腹痛或肛门不适，通常无须特殊处理。建议检查前3天进食低渣饮食，检查当日空腹，按医嘱服用肠道准备剂。完成检查后2小时内禁食，之后从流质饮食逐渐过渡到正常饮食。若出现持续腹痛、便血或发热需立即就医。
