手足口病在退热后1-2周、所有疱疹结痂干燥且无新皮疹出现时通常不再具有传染性。手足口病主要由肠道病毒引起，传染性强，需隔离至症状完全消退。
手足口病的传染性在发病初期最强，尤其是发热和口腔疱疹阶段。病毒可通过飞沫、接触疱疹液或粪便传播。多数患者在发病后7-10天进入恢复期，此时体温恢复正常，手、足、口等部位的疱疹逐渐结痂脱落。但部分患者粪便中仍可排出病毒，持续3-8周。因此即使临床症状消失，仍需注意个人卫生，避免病毒通过粪便传播。
极少数免疫功能低下患者可能出现病毒长期携带状态，粪便排毒时间可能延长。此类情况需通过实验室检测确认病毒是否清除。若患者合并心肌炎、脑炎等严重并发症，传染期可能相应延长。婴幼儿托育机构中出现聚集性病例时，建议所有患儿隔离期满后经医疗机构评估再返园。
手足口病康复后仍要保持良好卫生习惯，饭前便后洗手，避免与婴幼儿共用餐具。患者衣物需单独清洗并用含氯消毒剂浸泡，玩具、家具表面可用紫外线或高温消毒。若家庭成员出现发热或皮疹症状，应及时就医排查。接种EV71疫苗可预防重症手足口病，但无法完全阻断其他肠道病毒感染。
