胃萎缩严重时可能引发胃黏膜肠化生、胃溃疡甚至胃癌等并发症。胃萎缩是胃黏膜腺体减少或消失的病理状态，严重程度与病变范围、持续时间等因素相关。
胃萎缩进展后胃酸分泌功能下降，导致消化能力减弱，可能出现腹胀、早饱、贫血等症状。长期胃酸缺乏可能影响铁和维生素B12吸收，引发缺铁性贫血或恶性贫血。胃黏膜屏障功能受损后更易受幽门螺杆菌侵袭，增加胃溃疡发生概率。部分患者会出现胃黏膜肠上皮化生，这种病理改变属于癌前病变。持续进展可能发展为异型增生，最终导致胃癌发生风险显著升高。
少数患者胃萎缩伴随自身免疫性胃炎时，可能合并其他自身免疫疾病如桥本甲状腺炎。胃体部广泛萎缩可能引发内因子缺乏，导致维生素B12吸收障碍。胃窦部萎缩为主的患者更容易出现胃泌素水平升高，刺激肠嗜铬样细胞增生。极少数情况下严重胃萎缩可能并发胃息肉或胃神经内分泌肿瘤。
建议定期进行胃镜和病理检查监测胃黏膜变化，发现肠化生或异型增生需密切随访。日常需避免高盐、腌制食品，戒烟限酒，幽门螺杆菌阳性者应规范根除治疗。出现持续上腹痛、消瘦、黑便等症状时需及时就医排查恶性病变。
