基孔肯雅热通常不会直接人传人，主要通过蚊虫叮咬传播。该病由白纹伊蚊、埃及伊蚊等媒介蚊虫叮咬感染者后，再叮咬健康人群导致传播。
基孔肯雅热病毒存在于患者血液中，当媒介蚊虫叮咬处于病毒血症期（发病后2-6天）的患者时，病毒进入蚊虫体内繁殖。经过8-10天潜伏期后，受感染蚊虫再次叮咬他人时即可传播病毒。病毒不会通过呼吸道飞沫、接触或共用餐具等日常接触传播，目前也无证据表明可通过母婴垂直传播或输血传播。
极特殊情况下可能存在血液直接接触传播风险。例如医务人员在无防护状态下接触患者新鲜血液，或实验室人员处理含病毒样本时发生职业暴露。器官移植或输血传播虽有理论可能，但全球范围内尚未见明确病例报道。孕妇感染后胎儿宫内感染概率极低，分娩过程中新生儿经产道接触血液可能存在一定风险。
预防基孔肯雅热传播需重点做好防蚊灭蚊措施，清除积水容器减少蚊虫孳生地，外出使用驱蚊剂并穿浅色长袖衣物。出现突发高热、关节剧痛等症状且近期有疫区旅居史者，应及时就医并告知流行病学史。医疗机构对疑似病例应采取防蚊隔离措施直至退热，避免成为新的传染源。
