半飞秒和全飞秒激光手术的后遗症主要包括干眼症、眩光、夜间视力下降、角膜瓣移位、角膜感染等。这两种手术方式的后遗症存在一定差异，但多数症状会随时间缓解，少数可能需医疗干预。
半飞秒手术需制作角膜瓣，术后早期干眼症状较明显，可能伴随异物感或烧灼感，通常3-6个月逐渐恢复。眩光现象在暗光环境下更易出现，与角膜切削区直径相关，多数患者在术后1年内适应。角膜瓣移位风险存在于剧烈运动或外伤时，发生率较低但需急诊处理。全飞秒手术无需制作角膜瓣，干眼程度较轻且恢复更快，但术中要求更高的角膜厚度，高度近视患者可能出现夜间视力模糊。两种手术均有极低概率发生角膜感染，表现为眼红、疼痛和分泌物增多，需立即使用抗生素滴眼液控制。
术后3天内避免揉眼和进水，遵医嘱使用人工泪液和抗生素滴眼液。术后1周内禁止游泳和化妆，外出佩戴防紫外线眼镜。术后1个月避免对抗性运动，定期复查角膜愈合情况。长期使用电子设备时注意每20分钟远眺休息，保持环境湿度在40％-60％。若出现持续视物模糊或眼痛加重，应及时到眼科进行角膜地形图和视力检查。
