做肠镜一般建议挂消化内科或胃肠外科，具体选择可能与检查目的、症状严重程度等因素有关。肠镜主要用于诊断肠道炎症、息肉、肿瘤等疾病，消化内科侧重内科诊疗，胃肠外科侧重手术治疗。
消化内科是肠镜检查的首选科室，尤其适用于无明确手术指征的常规筛查或轻微症状患者。该科室医生熟悉肠道疾病的药物管理，能处理肠镜检查中发现的非手术适应症病变，如发现炎症性肠病可开具美沙拉嗪肠溶片、柳氮磺吡啶肠溶片等药物，发现小息肉可直接进行内镜下切除。胃肠外科更适合存在便血、肠梗阻等急重症症状或高度怀疑恶性肿瘤的患者，医生能评估手术必要性并实施急诊处理，如确诊结肠癌可安排腹腔镜根治术，发现复杂息肉可进行肠段切除吻合术。
检查前3天需低渣饮食，前1天服用复方聚乙二醇电解质散清洁肠道。检查后2小时内禁食，避免剧烈运动以防出血。若出现持续腹痛、便血需立即返院，日常建议增加膳食纤维摄入量并定期进行肠癌筛查。
