胃肠镜检查对身体的伤害通常较小，属于安全性较高的检查手段。胃肠镜可能通过机械刺激、麻醉风险、黏膜损伤等途径产生轻微影响，但严重并发症概率极低。
胃肠镜检查过程中，内镜对消化道黏膜的机械摩擦可能引起短暂不适，如咽喉异物感或腹胀，这些症状多在检查后数小时内自行缓解。采用无痛胃肠镜时使用的静脉麻醉药物可能引发头晕、恶心等轻微反应，但现代短效麻醉剂代谢快，对肝肾功能正常者影响有限。极少数情况下可能发生黏膜擦伤或微小出血，多见于存在溃疡、息肉等基础病变的患者，操作医师可通过内镜下止血处理。检查前严格的适应症筛查和器械消毒流程已将感染风险控制在极低水平。
存在严重心肺功能不全、凝血功能障碍或消化道穿孔高风险患者可能出现麻醉意外、大出血等严重并发症。急性心肌梗死、严重肺气肿等疾病急性期患者检查风险显著增高。对碘造影剂过敏者若需行染色内镜可能诱发过敏反应。这些特殊情况需由消化科医师评估后决定是否延期或改用其他检查方案。
检查前应如实告知医生药物过敏史和基础疾病，严格遵循禁食要求可降低误吸风险。检查后两小时内禁食水，麻醉完全清醒前需有人陪同。出现持续腹痛、呕血或黑便应及时返院就诊。定期胃肠镜检查对消化道肿瘤早筛的获益远大于潜在风险，建议40岁以上人群根据医生建议定期筛查。
