生吃大蒜通常没有坏处，但过量食用可能刺激胃肠黏膜或引发口臭。大蒜含有大蒜素等活性成分，适量食用有助于抗菌消炎。
大蒜中的硫化物可能对胃肠黏膜产生刺激，空腹大量生吃时可能出现胃部灼热感或腹痛。胃肠功能较弱者可能出现腹泻腹胀，部分人群食用后会有反酸嗳气等不适。大蒜素具有挥发性，咀嚼后残留气味可能持续数小时，影响社交活动。生蒜的辛辣成分可能刺激口腔黏膜，敏感者可能出现短暂刺痛感。少数过敏体质者接触大蒜汁液可能引发皮肤红肿或瘙痒反应。
每日食用1-2瓣生蒜可发挥保健作用而不致不适，建议切碎后静置10分钟促进大蒜素转化。食用后及时刷牙或咀嚼茶叶可减轻口气，胃肠敏感者可选择熟制大蒜减少刺激。服用抗凝药物者需控制摄入量，术前两周应避免大量食用。出现持续腹痛或过敏症状时应停止食用并就医。
