生殖器疱疹由单纯疱疹病毒引起。即使在未发作，感染者的体内仍然存在病毒，并且存在传染的可能。
疱疹病毒感染人体后，其特性是终身潜伏。当皮损症状、愈合后，病毒并不会被人体免疫系统完全清除，而是沿着感觉神经“撤退”并长期潜伏在神经节内，处于一种“休眠”或静止状态。在此期间，患者虽然没有任何可见的皮损、不适或前驱症状，但病毒的生命活动并未停止。
在潜伏期内，病毒可能不定期地、间歇性地被重新激活。此时，病毒会沿着神经纤维移动到最初的感染部位、。关键点在于：这种再激活有时并不引起任何肉眼或自身可察觉的病变，但病毒却可能出现在皮肤或黏膜的表面，这个过程被称为“无症状病毒排放”或“无症状排毒”。
正是这种“无症状排毒”，构成了生殖器疱疹传播的主要隐患。因为在此阶段，病毒可通过密切的皮肤黏膜接触传染给伴侣，而双方都可能对此毫不知情。研究数据显示，HSV-2型感染在无症状期的排毒天数可占总天数的10％甚至更高，且排毒的发生是随机和不可预测的。
感染生殖器疱疹处于无症状阶段，可以用艾坦汀医用生物凝胶护理，降低病毒载量，减少复发的可能。可以隔几天涂一支，持续护理。生殖器疱疹的传染性并不仅限于发作期。即使从未出现过症状或症状已消失多年，感染者仍可能是病毒的携带者和潜在传染源。
