柴胡具有解表退热、疏肝解郁、升举阳气的功效，主要用于治疗感冒发热、寒热往来、胸胁胀痛、月经不调、子宫脱垂、脱肛等病症。
柴胡中的柴胡皂苷等成分能抑制中枢神经系统兴奋性，降低体温调节中枢对致热原的敏感性，从而发挥退热作用。对于外感发热或疟疾引起的寒热往来症状，常与黄芩配伍使用，如小柴胡颗粒。风寒感冒初期出现恶寒发热时，可选用正柴胡饮颗粒。
柴胡能调节肝气郁结状态，改善因情绪不畅导致的胸胁胀满、嗳气叹息等症状。肝郁气滞型月经不调者可选用逍遥丸，其中柴胡与当归、白芍协同起效。慢性肝炎见胁痛者可用柴胡舒肝丸，但须注意肝功能异常者应在医生指导下使用。
柴胡的升提作用可改善中气下陷引起的脏器下垂，常与黄芪、升麻配伍，如补中益气丸适用于轻度子宫脱垂或胃下垂患者。脱肛患者可配合使用补中益气汤加减，但重度脱垂需考虑手术治疗。
柴胡多糖能增强巨噬细胞吞噬能力，调节T淋巴细胞亚群比例，对自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮有一定辅助治疗作用。临床常用柴胡注射液辅助治疗病毒感染，但过敏体质者需警惕皮疹等不良反应。
柴胡皂苷能降低转氨酶水平，促进胆汁分泌，对酒精性肝损伤和慢性胆囊炎有改善作用。胆结石患者可选用胆宁片含柴胡、茵陈等，但合并胆管梗阻时须禁用。
使用柴胡制剂时需注意，阴虚阳亢者慎用，长期服用可能引起恶心、口干等副作用。风寒感冒初期建议用生姜红糖水送服柴胡类中成药，风热感冒则可配合金银花露。肝病患者用药期间应定期监测肝功能，避免与肝毒性药物联用。孕妇及哺乳期妇女使用前需咨询中医师，儿童用量需按体重折算。储存时应置于阴凉干燥处，防止有效成分挥发。
