男性感染人乳头瘤病毒后部分情况可能自行痊愈，但存在持续感染风险。HPV感染是否自愈主要与病毒亚型、免疫状态等因素相关，低危型引起的生殖器疣可能自行消退，高危型持续感染可能诱发癌变。
低危型HPV感染如6型、11型引起的尖锐湿疣，在免疫功能正常的情况下，部分患者疣体可在数月内自然消退。病毒可能被机体免疫系统清除，但消退时间存在个体差异。此过程中需注意避免搔抓或自行处理疣体，防止病毒扩散。若疣体持续增大或影响生活质量，建议及时就医。
高危型HPV如16型、18型的持续感染可能不会自行清除，长期存在可导致阴茎癌、肛门癌等恶性肿瘤。免疫功能低下、吸烟等因素会显著增加持续感染概率。即使没有明显症状，高危型感染者也应定期随访，通过醋酸白试验、病理活检等手段监测病变进展。合并HIV感染等免疫缺陷患者更需加强监测。
无论是否出现症状，建议所有HPV感染者保持规律作息、均衡营养以增强免疫力，避免烟草和酒精摄入。性伴侣应同步进行筛查，性行为时全程使用避孕套。出现疣体增大、破溃出血或长期不愈时，须立即至皮肤性病科或泌尿外科就诊，通过冷冻、激光或光动力疗法等专业处理降低传染风险。
