支原体和衣原体感染通常好治，多数患者通过规范用药可痊愈。治疗方式主要有抗生素治疗、对症支持治疗、生活方式调整、定期复查、预防复发等措施。
支原体感染首选大环内酯类抗生素如阿奇霉素片、罗红霉素胶囊，衣原体感染常用四环素类如多西环素片。部分耐药病例可选用喹诺酮类如左氧氟沙星片，但需注意孕妇及儿童禁用。用药需严格遵医嘱完成疗程，避免自行停药导致耐药性。
针对咳嗽症状可使用右美沙芬糖浆缓解，发热可用对乙酰氨基酚片。合并细菌感染时需联用头孢克肟颗粒等药物。治疗期间应多饮水保持呼吸道湿润，避免使用镇咳药抑制排痰。
感染期间需保证充足休息，每日饮水量保持在2000毫升以上。饮食宜清淡，适量补充维生素C泡腾片增强免疫力。暂停剧烈运动，保持室内空气流通，戒烟戒酒减少呼吸道刺激。
完成抗生素疗程后1-2周需复查核酸或血清抗体，确认病原体是否清除。持续咳嗽超过2周者应行胸部CT检查排除肺炎可能。性传播感染者建议伴侣同步检测治疗。
愈后3个月内避免受凉感冒，公共场所佩戴口罩。性传播感染者应使用避孕套，注意个人卫生。免疫力低下者可定期服用匹多莫德口服液调节免疫功能，降低复发概率。
支原体衣原体感染治愈后一般无后遗症，但需警惕肺炎支原体可能引发的支气管哮喘等并发症。日常应保持规律作息，均衡摄入瘦肉、西蓝花等富含优质蛋白和维生素的食物，适度进行快走、游泳等有氧运动增强体质。出现持续发热、脓痰等病情加重表现时须及时复诊，避免延误治疗。
