病毒性脑炎的治疗效果与病情严重程度、病毒类型及治疗时机有关，多数轻症患者经规范治疗可痊愈，少数重症可能遗留神经系统后遗症。
病毒性脑炎早期发现并及时抗病毒治疗，配合营养神经、控制脑水肿等措施，通常预后较好。常见病原体如单纯疱疹病毒、肠道病毒等对阿昔洛韦、更昔洛韦等药物敏感，发病1-3天内用药效果显著。轻症患者体温多在1-2周内恢复正常，头痛呕吐症状逐渐缓解，脑脊液检查指标2-4周趋于稳定。儿童患者因血脑屏障发育不完善，恢复速度可能快于成人。
重症病毒性脑炎可能出现持续高热、抽搐昏迷等症状，需重症监护治疗。部分柯萨奇病毒、EB病毒感染可导致脑实质广泛损伤，即使使用免疫球蛋白冲击治疗，仍可能遗留癫痫、智力障碍等后遗症。老年患者或合并基础疾病者，恢复周期可能延长至3-6个月。西尼罗河病毒、狂犬病毒等特殊病原体感染致死率较高。
病毒性脑炎患者出院后需定期复查脑电图和头颅核磁，避免剧烈运动6个月以上。饮食应补充富含卵磷脂的鸡蛋、深海鱼等食物，康复期可进行认知训练和肢体功能锻炼。出现头痛加重或行为异常时应立即复诊。
