新生儿肛门闭锁手术后可能出现后遗症，但多数患儿通过规范治疗和术后护理可获得良好预后。肛门闭锁是先天性直肠肛门畸形，需根据畸形类型选择肛门成形术或结肠造瘘术等手术方式。
术后早期可能出现肛门狭窄、伤口感染等并发症。肛门狭窄多因术后瘢痕挛缩导致，需定期扩肛治疗。伤口感染与局部清洁不足或免疫力低下有关，表现为红肿渗液，需及时抗感染处理。部分患儿术后存在排便控制能力差，表现为便秘或失禁，需通过排便训练和饮食调整改善。少数合并泌尿生殖系统畸形的患儿，可能遗留尿道瘘或阴道瘘，需二次手术修复。极低体重儿或合并严重心脏畸形的患儿，术后恢复可能较慢。
远期后遗症主要与手术时机和畸形复杂程度相关。高位肛门闭锁患儿术后排便功能障碍概率较高，需长期随访。合并骶椎发育异常的患儿可能遗留神经源性膀胱，需要间歇导尿。少数患儿因直肠感知功能受损，成年后可能出现社交心理障碍。国际文献报道术后生活质量与手术方式选择及康复管理密切相关。
建议家长术后坚持遵医嘱进行肛门护理，定期复查肛门直肠功能。喂养时注意膳食纤维和水分摄入，避免便秘刺激吻合口。发现排便异常或肛周红肿时及时就医。多数患儿经过系统康复训练后，可达到接近正常的排便控制能力。术后1年内应每3个月评估肛门直肠测压和超声检查，必要时进行生物反馈治疗。
