坐骨直肠窝脓肿治疗后可能遗留后遗症，但概率较低。该疾病主要由肛腺感染扩散至坐骨直肠间隙引起，及时规范治疗可显著降低后遗症风险。
多数患者经充分引流和抗生素治疗后恢复良好。常见情况为局部瘢痕形成，可能伴随轻度肛门不适或排便不畅，通常3-6个月可逐渐缓解。部分患者可能出现暂时性肛门括约肌功能减弱，表现为控便能力轻度下降，通过提肛锻炼多能改善。术后伤口感染需二次清创的概率不足百分之五，且多发生于合并糖尿病或免疫功能低下者。
少数未及时治疗者可能出现复杂性肛瘘，需手术修补。极个别病例因感染扩散导致会阴部组织广泛坏死，可能需皮瓣移植修复。反复发作的脓肿可能损伤阴部神经，引发会阴区感觉异常，这种情况多见于延误治疗超过2周的患者。合并骨髓炎者可能出现骶骨骨质破坏，需联合抗感染与骨科干预。
建议术后保持肛门清洁，每日温水坐浴2次，避免久坐压迫伤口。饮食应增加膳食纤维摄入，推荐西蓝花、燕麦等食物，保持大便通畅。出现发热、持续疼痛或分泌物增多时需立即复诊。定期进行肛门指检和超声检查有助于早期发现复发迹象，术后1年内每3个月复查一次为宜。
