治疗瘊子通常可采用物理治疗、药物治疗或手术治疗，具体方法需根据瘊子类型、大小及部位决定。
液氮冷冻治疗是常见方法，通过低温破坏瘊子组织使其脱落，适用于体积较小的寻常疣或扁平疣。激光治疗利用高能光束精准汽化病变组织，对周围皮肤损伤较小，适合面部或敏感部位。电灼术通过高频电流烧灼疣体，操作简便但可能遗留浅表疤痕。
水杨酸软膏可通过角质溶解作用逐渐剥脱疣体，需持续使用数周。咪喹莫特乳膏能刺激局部免疫反应清除病毒，适用于生殖器疣。氟尿嘧啶软膏可抑制病毒增殖，对顽固性跖疣效果较好。使用药物前应清洁患处，避免接触健康皮肤，孕妇及过敏体质者慎用。
刮除术配合电干燥法能彻底清除较大疣体，需局部麻醉后操作。切除术适用于怀疑恶变的皮损，可完整切除病灶并送病理检查。术后需保持创面干燥，定期消毒防止感染，瘢痕体质者应谨慎选择。
干扰素局部注射适用于多发或复发性疣体，通过增强细胞免疫功能抑制病毒。口服免疫调节剂如左旋咪唑可用于广泛性疣体治疗，但需监测肝功能。免疫疗法起效较慢，需配合其他治疗方法。
鸦胆子油外涂可腐蚀疣体组织，需由专业人员操作避免灼伤。火针疗法通过热刺激促使疣体坏死脱落，对寻常疣效果显著。中药内服以清热解毒、活血化瘀为主，需辨证施治，配合外用药可增强疗效。
治疗期间应避免搔抓或自行剪除疣体，防止病毒扩散。保持患处清洁干燥，穿透气鞋袜预防跖疣复发。增强体质有助于减少复发，可适当补充维生素A、维生素C。若疣体突然增大、出血或颜色改变，应及时就医排除恶变可能。不同部位的疣体治疗周期差异较大，寻常疣可能需要4-12周，跖疣治疗时间可能更长。
