对鱼类过敏者、维生素A或D过量者、高钙血症患者、严重肝肾疾病患者及孕妇不适合吃鱼肝油。鱼肝油主要成分为维生素A和D，过量摄入可能引发中毒或加重原有疾病。
鱼肝油提取自深海鱼类肝脏，对鱼类或海鲜过敏的人群食用后可能诱发过敏反应，表现为皮肤瘙痒、红肿、呼吸困难等症状。此类人群应避免所有鱼类衍生产品，可选择植物来源的维生素补充剂如β-胡萝卜素替代维生素A。
长期过量摄入维生素A可能导致头痛、肝损伤甚至胎儿畸形，维生素D过量则会引起血钙升高、肾结石等问题。已通过其他途径补充足量维生素A/D的人群，如日常饮食富含动物肝脏或服用复合维生素者，无须额外补充鱼肝油。
鱼肝油中的维生素D会促进肠道钙吸收，加重高钙血症患者的血钙水平异常，可能引发心律失常、血管钙化等并发症。此类患者需严格控制高钙食物及维生素D补充剂摄入，治疗期间应定期监测血钙指标。
严重肝肾功能不全者代谢维生素A/D的能力下降，服用鱼肝油可能造成蓄积中毒。肝硬化患者可能出现维生素A相关肝性脑病，肾衰竭患者则易发生维生素D中毒性高钙血症。这类人群补充营养素需在医生指导下调整剂量。
孕妇过量摄入维生素A可能增加胎儿神经管缺陷风险，尤其在妊娠早期。虽然鱼肝油可提供促进胎儿骨骼发育的维生素D，但建议通过孕期专用复合维生素补充，避免单独补充鱼肝油导致维生素A超标。
普通人群食用鱼肝油应遵循每日推荐摄入量，维生素A成人上限为3000微克视黄醇当量，维生素D为50微克。服用前建议检测血清维生素水平，合并慢性疾病者需咨询医生。日常可通过三文鱼、蛋黄等食物天然获取相关营养素，减少补充剂依赖。
