脑炎能否完全治愈需根据病因和病情严重程度判断，多数病毒性脑炎经规范治疗可痊愈，部分重症或特殊病原体感染可能遗留后遗症。
病毒性脑炎是较常见的类型，早期使用阿昔洛韦注射液、更昔洛韦胶囊等抗病毒药物，配合甘露醇注射液降低颅内压，多数患者在1-3个月可恢复。细菌性脑炎如结核性脑膜炎需长期联用异烟肼片、利福平胶囊等抗结核药，规范治疗半年以上也有较高治愈率。自身免疫性脑炎通过丙种球蛋白冲击治疗或利妥昔单抗注射液调节免疫，部分患者症状可完全消失。
重症脑炎合并脑实质广泛损伤时，可能出现癫痫、认知障碍等后遗症，需长期服用左乙拉西坦片控制癫痫发作，配合认知康复训练。单纯疱疹病毒性脑炎若未及时治疗，死亡率可达30％。特殊病原体如朊病毒所致脑炎目前尚无有效治疗手段。儿童患者因血脑屏障发育不完善，更易出现智力发育迟缓等远期影响。
脑炎患者康复期需保证优质蛋白摄入如鱼肉、鸡蛋，避免剧烈运动加重脑缺氧。定期复查脑电图和头颅核磁，遗留肢体功能障碍者应尽早介入针灸和运动疗法。出现头痛加剧或精神行为异常时需立即复诊。
