慢性肠炎的治疗需根据病因和病情严重程度综合制定方案，主要包括饮食调整、药物治疗、中医调理、微生态疗法和手术治疗五种方式。
低脂低渣饮食有助于减轻肠道负担，急性期可选择米汤、藕粉等流质食物，缓解期逐步增加蒸蛋、嫩豆腐等低纤维食物。避免辛辣刺激、生冷及乳制品摄入，每日少量多餐，烹饪方式以蒸煮为主。长期腹泻患者需注意补充电解质水预防脱水。
细菌感染引起的慢性肠炎可遵医嘱使用诺氟沙星胶囊、盐酸小檗碱片等抗菌药物。腹痛明显时可短期使用消旋山莨菪碱片解痉，蒙脱石散能保护肠黏膜。溃疡性肠炎患者可能需要美沙拉嗪肠溶片控制炎症，严重者需糖皮质激素治疗。
脾胃虚弱型可用参苓白术散健脾化湿，肝气犯胃型适用痛泻要方疏肝健脾。艾灸神阙、足三里等穴位可改善肠道功能，中药灌肠对直肠型炎症效果显著。需由中医师辨证施治，避免自行滥用清热类中药加重腹泻。
双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒等益生菌制剂能恢复肠道菌群平衡。合并真菌感染时需先抗真菌治疗后再补充益生菌。发酵食品如无糖酸奶可作为日常辅助，但急性发作期应暂停食用。
出现肠穿孔、大出血或癌变等并发症时需手术干预，常见术式包括病变肠段切除术、肠造口术等。克罗恩病导致的肠狭窄可行狭窄成形术，术后仍需长期药物维持治疗。手术决策需严格评估适应证，非必要不推荐。
慢性肠炎患者应建立饮食日记记录过敏食物，每日保证8小时睡眠避免劳累。冬季注意腹部保暖，定期复查肠镜监测病情变化。适当进行太极拳、八段锦等舒缓运动增强体质，保持情绪稳定有助于减少复发。出现体重持续下降、血便等症状应及时复诊调整治疗方案。
