固肠止泻丸对结肠炎有一定治疗作用，主要通过收敛止泻、调和胃肠功能缓解症状。固肠止泻丸的主要功效包括涩肠止泻、健脾温中，适用于脾虚或脾肾阳虚型慢性结肠炎引起的腹泻、腹痛等症状。
固肠止泻丸含赤石脂、诃子等成分，能减少肠道分泌和蠕动，改善慢性结肠炎导致的反复腹泻。赤石脂具有吸附毒素和保护肠黏膜作用，诃子鞣质可收敛肠壁，减轻炎症渗出。需注意该药对细菌性肠炎或急性腹泻效果有限。
方中党参、白术等健脾药材可改善结肠炎患者的消化吸收功能，缓解腹胀、食欲不振等脾虚症状。对于伴随四肢不温、喜温喜按的脾肾阳虚型患者，干姜、肉桂等温里成分有助于恢复肠道正常运化功能。
部分研究发现固肠止泻丸中的黄芩、黄连等成分对结肠黏膜炎症有一定抑制作用，可能通过降低白细胞介素等炎性因子表达减轻组织损伤。但需联合其他抗炎药物才能有效控制活动期溃疡性结肠炎。
该药可能通过改变肠道环境促进有益菌定植，间接改善结肠炎相关的菌群失调。但严重肠道菌群紊乱患者仍需配合益生菌制剂，不可单独依赖固肠止泻丸调节微生态平衡。
临床常将固肠止泻丸与美沙拉嗪肠溶片、柳氮磺吡啶肠溶片等西药联用，用于轻中度溃疡性结肠炎的维持治疗。中药可减少西药用量，但中重度活动期仍需以西医治疗方案为主。
结肠炎患者服用固肠止泻丸期间需避免辛辣刺激食物，注意腹部保暖。慢性腹泻患者应定期复查肠镜，溃疡性结肠炎急性发作时须及时就医。该药不宜长期连续使用超过2个月，症状缓解后应在医生指导下逐步减停，防止收敛过度导致便秘。孕妇及实热积滞型腹泻患者禁用。
