肠镜检查通常有轻微不适，痛苦程度主要受肠道准备、操作手法、麻醉方式及个人耐受度影响。
清肠不彻底会延长检查时间增加腹胀感，需严格遵医嘱服用泻药并大量饮水直至排出清水样便。
医生进镜时的牵拉可能导致痉挛性腹痛，经验丰富的医师动作轻柔可减少肠管折叠带来的牵扯痛。
普通肠镜在清醒状态下进行会有明显胀痛，无痛肠镜通过静脉注射丙泊酚等药物让受检者进入睡眠状态。
个体对疼痛敏感度差异较大，紧张焦虑情绪会放大不适感，放松配合呼吸有助于减轻检查过程中的痛苦。
检查前一日建议进食低渣饮食，检查后若无剧烈腹痛可适量饮用温水，避免立即驾驶或高空作业。
