新生儿脑炎后遗症概率与病情严重程度、治疗是否及时等因素有关，轻症患儿后遗症概率较低，重症患儿可能出现神经系统损伤等后遗症。新生儿脑炎主要由病毒或细菌感染引起，需及时就医干预。
新生儿脑炎后遗症的发生与脑组织损伤范围密切相关。轻度脑炎患儿经规范抗感染治疗后，多数不会遗留明显后遗症，可能出现短暂喂养困难或睡眠紊乱，1-3个月可逐渐恢复。中度脑炎患儿可能出现运动发育迟缓、肌张力异常等后遗症，需通过康复训练改善。重度脑炎可能导致癫痫、智力障碍、脑性瘫痪等严重后遗症，需长期药物控制和功能锻炼。
早产儿、低出生体重儿及合并败血症的新生儿更易出现后遗症。部分患儿在感染控制后仍存在脑室周围白质软化等影像学改变，可能影响远期认知功能。少数重症患儿因脑干受损可出现呼吸、吞咽功能障碍，需依赖医疗设备维持生命体征。极少数病例因颅内压过高导致不可逆脑损伤，遗留严重残疾。
家长需定期带患儿进行神经发育评估，坚持康复训练，保证营养摄入。避免擅自停药或中断治疗，按医嘱使用营养神经药物如胞磷胆碱钠注射液、鼠神经生长因子注射液等。注意观察患儿精神状态、进食情况及运动能力变化，发现异常及时复诊。保持居住环境安静舒适，避免强光噪音刺激，适当进行抚触按摩促进神经系统恢复。
